Proposition d'emplois


Thèse de Doctorat - 2013-03-06
Titre
Origine, fonction et évolution du domaine C-terminal optionnel des α-amylases animales. Un cas de "domain shuffling"

Nom de l'équipe d'accueil :
Evolution moléculaire et fonctionnelle des familles multigéniques

Responsable
Da Lage

Profil du candidat
Le sujet conviendra à un(e) étudiant(e) ayant un profil biologie moléculaire, avec un intérêt marqué pour l'évolution des protéines.

Descriptif de l'emplois
L'α-amylase est une enzyme digestive très importante dans tout le monde vivant. Elle dégrade des polysaccharides comme l'amidon ou le glycogène. Elle est composée d'au moins trois domaines mais chez les bactéries et les champignons, il existe souvent des domaines supplémentaires, généralement C-terminaux, qui ont une fonction de liaison au substrat. Les amylases animales connues jusqu'ici ne possédaient que les trois domaines de base, car seules avaient été étudiées celles des insectes et des vertébrés, qui en sont dépourvues. Récemment, nous avons montré que les amylases de nombreux animaux ont un domaine C-terminal, très différent de ceux de la plupart des bactéries. Connu et caractérisé jusqu'ici uniquement chez la protéobactérie P. haloplanktis, il est relié à l'enzyme par un "linker". On le trouve associé à certaines amylases de mollusques, d'arthropodes non insectes, nématodes, etc…Ce domaine supplémentaire est probablement ancestral chez les Bilatériens. De plus, il a été détecté associé à d'autres protéines chez un crustacé par recombinaison du domaine. Le projet consiste à préciser et compléter la répartition phylogénétique de ce domaine, à déterminer son origine (bactérienne ?), et parallèlement, essayer d'établir sa fonction. Une partie importante du travail expérimental consistera à produire le domaine in vitro pour préparer des anticorps, à détecter le domaine par hybridation in situ chez des espèces modèles appropriées (amphioxus, daphnie, C. elegans…), pour le localiser finement, déterminer s'il reste attaché à l'amylase proprement dite, s'il est intracellulaire, transmembranaire, sécrété… Le volet évolutif consistera à rechercher le domaine chez des Bilatériens pour lesquels l'information manque (en particulier certains arthropodes) et chez des bactéries, de façon à préciser le scénario évolutif (par PCR et data mining).

Références
Feller, G., Dehareng, D. &Da Lage, J.-L. (2011). How to remain non-folded and pliable: the linkers in modular α-amylases as a case study. FEBS Journal 278, 2333-2340. Da Lage, J.-L., Danchin, E. G. J. &Casane, D. (2007). Where do animal α-amylases come from? An interkingdom trip. FEBS Letters 581, 3927-3935.

Mots clefs
domain shuffling évolution moléculaire amylase

Contact
Jean-Luc Da Lage

Date de validité
2014-01-31

Duré (mois)
36

Date de publication de l'emplois
2013-03-06