Thèmes
et Projets
L'originalité de ce GDR repose sur le fait que les
équipes qui le composent travaillent sur toute la gamme des
éléments transposables (ETs) actuellement
décrits et sur des organismes appartenant à
divers groupes de l'arbre du vivant (bactéries, champignons,
plantes, ciliés, insectes, vertébrés).
De plus, les approches sont variées allant de la
mécanique fine de la transposition à
l'évolution et la dynamique des ETs. Ceci permet d'avoir une
vision large intégrant des données
moléculaires, populationnelles et écologiques.
Parmi l'ensemble des projets qui seront
développés dans le cadre du GDR, ceux
liés à la dynamique des ETs au sein des
populations et des espèces et ceux concernant
l'évolution des ETs, déjà entrepris au
cours des 4 dernières années, doivent se
poursuivre. Des collaborations sont en cours pour le
développement des aspects théoriques. Par
ailleurs, sans pour l'instant savoir quelle est la cause et quel est
l'effet, une corrélation entre les ETs et la
capacité à envahir des espèces semble
exister. L'idée générale
derrière ces approches, est l'analyse de l'impact des ETs en
terme d'adaptabilité et d'évolutivité
des génomes. En ce qui concerne l'évolution des
ETs, plusieurs travaux relatifs à l'usage du code des ETs
par rapport à celui des autres séquences codantes
de plusieurs génomes ont été
effectués. L'étude de l'interface entre ETs et
rétrovirus s'est également
développée notamment pour les gènes de
l'enveloppe. Des collaborations ont été
démarrées avec des spécialistes des
rétrovirus. L'intégration d'une nouvelle
équipe travaillant sur les rétrovirus
endogènes de l'homme s'inscrit dans ce mouvement.
Le séquençage de génomes entiers
montre que les ETs occupent une place
prépondérante à tel point que l'on
peut se demander s'ils doivent toujours être
considérés comme des séquences
parasites et non pas comme des composants à part
entière des génomes. En d'autres termes, on peut
se demander dans quelle mesure un génome sans ETs serait
viable sur le long terme. Un projet de base de connaissance,
lancé par l'équipe de Christian
Biémont dans le cadre d'une thèse sur les ETs de
drosophile, a réuni plusieurs membres du GDR afin de
réfléchir à la mise en place d'une
structure plus générale extensible à
l'ensemble des ETs actuellement connus et permettre une meilleure
annotation. Ce projet devrait inclure des logiciels de recherche
systématique d'ETs dans les génomes
séquencés, tel par exemple celui
développé par Hadi Quesneville. Ce logiciel
montre, lorsqu'il est appliqué à Drosophila
melanogaster, qu'il existe chez cette espèce de nombreux
éléments non détectés par
les approches habituelles dans la mesure où ces
éléments ne présentent pas de copies
actives. L'unité élémentaire de cette
base devrait être disponible cet automne. Pour l'heure, la
difficulté majeure à laquelle nous sommes
confrontés, est le maintien informatique de la base, sa mise
à jour et son évolution. La suite
nécessiterait une aide sous forme d'un CDD sur deux ou trois
ans.
Parmi les projets nécessitant un travail collectif, celui
lié à la santé semble
intéresser 5 à 6 groupes. L'objectif de ce projet
serait de déterminer dans quelles mesures, la
résistance aux traitements pourrait être le fait
de la mobilisation d'ETs. Actuellement, plusieurs équipes du
GDR ont mis en évidence que des stress biotiques et
abiotiques pouvaient induire l'activité d'ETs. Par ailleurs,
il a été montré que la mobilisation
d'un élément transposable pouvait
créer une variabilité
génétique de novo, et permettre une
réponse à la sélection plus rapide
à la sélection qu'en absence de mobilisation. Ce
projet repose sur l'accessibilité à des banques
de tissus cancéreux. Des premiers contacts ont
été pris par Yves Bigot à Tours avec
le responsable d'une cancerothèque. Plusieurs types de
tissus semblent pouvoir être accessibles: des tissus sains,
des tissus cancéreux non traités et des tissus
cancéreux traités sensibles et
résistants aux traitements. D'autres aspects pourraient
être développés via la
canceropôle de Lyon. Il s'agit des interactions cancer,
environnement, ETs. Un groupe de travail devrait se réunir
d'ici la fin de l'année pour évaluer la
faisabilité du projet.
La crédibilité de l'ensemble de ces projets
repose sur le fait que de nombreux experts font partis du GDR. A ce
titre, nous tenons à souligner que la France occupe une
place déterminante au niveau européen et mondial.
C'est, après les Etats-Unis, le pays qui possède
le plus grand nombre de groupes travaillant dans ce domaine. Par
ailleurs, les différentes équipes, membres du
GDR, sont reconnues au niveau international. Le GDR tel qu'il a
fonctionné au cours de ces dernières
années est, à ce titre, un outil formidable
permettant de renforcer ce potentiel. Le fait que parmi les
équipes entrant dans le GDR, nombreuses sont celles qui se
sont récemment mises à travailler dans ce
domaine, n'est peut être pas étranger à
la dynamique que les groupes plus anciens ont mise en place.
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